Сградата е построена на мястото на испански музеен комплекс в колониален стил, унищожен от земетресението през 1989 г. Елегантните форми и оригиналната употреба на материали, характерни за Жак Херцог и Пиер дьо Мьорон, предизвикаха активно съпротивление от страна на консервативните власти в града, но упоритостта на администрацията на музея все пак направи възможно изпълнението на проекта.
Конструкцията е изцяло облечена с мед (използвани са общо 7602 панела с различни форми) и е най-голямата сграда, покрита с този метал в света.
Основният елемент на проекта е извита кула, която се издига над върховете на дърветата на парка Golden Gate, където се намира музеят. Предлага гледка към града, а също така свързва сградата със Сан Франциско: размерът на кулата й позволява да се превърне в забележим елемент от градския пейзаж.
Основният обем, правоъгълен в план, е изсечен от малки дворчета, засадени с папрати. Стъклените стени направиха тези градини част от интериора на музея.
Особено внимание беше обърнато на архитектите, за да подчертаят непрекъснатия поток на пространството: входът на музея е свързан с голямо фоайе чрез открит двор, оттам широко стълбище води към залите на втория етаж. Това се улеснява и от извитите етажни планове на изложбените зали. Интериорът на музея е украсен с евкалиптово дърво.
Цената на целия проект беше 190 милиона долара, които бяха събрани от частни лица, независимо от факта, че както колекцията (изкуство от Африка, Океания, Мезоамерика), така и самият музей принадлежат на града.
