Проектът за реконструкция беше спонсориран от испанците Cruz y Ortiz, изложбата е проектирана от Jean-Michel Wilmotte, а реставрацията е извършена от Van Hoogevest Architecten. Задачата на архитектите е била да адаптират обемистата сграда в основния поток на еклектиката, построена през 1885 г. от Петрус (Пиер) Кайперс, за нуждите на музей на 21 век. Буйният интериор отвлече вниманието от експонатите, нямаше достатъчно място както за изложбите, така и за съпътстващата програма, беше невъзможно постоянната експозиция да бъде подредена по единна система и т.н.
Сега всички експонати от 12-ти до 20-ти век са подредени в строг хронологичен ред, по етажи отдолу нагоре, а хронологията е подкрепена от цветова схема: боята по стените постепенно изсветлява при движение нагоре, достигайки почти бяло в залите на модерното изкуство. В същото време всички произведения бяха подредени по нов начин, с изключение на най-важния - „Нощна стража“от Рембранд, която се върна на предишното си място в „Почетната галерия“, където бяха произведенията на Златния Изложена е ерата на холандското изкуство.
Архитектите, съгласно вече установената схема в музейното строителство, блокираха два двора на сградата със стъклени покриви, а също така ги задълбочиха до нивото на -1 етаж, като преди това премахнаха по-късните пристройки, които ги заемаха. След това поставиха аудитория под единия двор, а магазин за музеи и кафене под другия. Самите дворове са се превърнали в просторни обществени пространства, до които може да се стигне дори без да се купува билет. Стените им оформят вътрешните фасади на музея, а новите повърхности са облицовани със светъл камък. Антонио Круз и Антонио Ортис взеха предвид грешката на Норман Фостър, в чийто двор на Британския музей всеки звук се чува ясно и дори отеква, така че в Рийксмузеума шумовете се заглушават от бели решетки със звукопоглъщащ материал, окачен на таваните.
Но основният проблем за архитектите беше обединяването на двата двора в едно цяло. Историческата сграда има коридор за пешеходци и велосипедисти в центъра на фасадата, което позволява бързо преминаване през сградата. Проектът за реконструкция предвиждаше да се превърне в главен вход на музея, обединявайки двата двора, но жителите на града се разбунтуваха и сега коридорът е запазен в оригиналния си вид, достъпът до музея може да се осъществи през четири малки входа и е положен подземен проход под него, свързвайки дворовете помежду си.
Музеят беше затворен за реконструкция през 2003 г. и щеше да отвори врати през 2008 г. 10-годишният период на работа се обяснява с факта, че трябваше да се положат титанични усилия за изграждане на подземни нива във водната почва на Амстердам нямаше изпълнител на толкова сложен проект. Инженерите на Arcadis направиха новите подземни части на сградата структурно независими от историческата структура, тъй като тя бавно утихва. Следователно наземният коридор и "Почетната галерия", разположени над подземния проход между дворовете, сега са превърнати в висящ над него "мост". Изкопаните ями бяха незабавно напълнени с вода, така че те бяха изсипани със специален бетон за подводна работа и процесът беше контролиран от водолази.
Бюджетът на проекта е бил 375 милиона евро, но включва и изграждането на отделен павилион за азиатско изкуство, поставен в центъра на езерцето, адаптирането на парка към скулптурна градина по проекта Copijn Landschapsarchitecten (14 500 m2), изграждането на служебна входна сграда, реконструкцията на историческото училище по рисуване (Teekenschool) като музеен образователен център, както и изграждането на сграда на музейни работилници близо до Rijksmuseum, обединени с друга сграда на Kuypers - бившият Институт за Безопасност и здраве при работа.
Но ремонтът на музея все още не е завършен: той остава отворен по време на реконструкцията
крилото на Philips сега ще бъде превърнато в модерно временно изложбено пространство. Автори на проекта са също Cruz y Ortiz.
