Каплицки беше на 71 години. Причината за внезапната му смърт е поредица от проблеми, свързани с изпълнението на проекта му за новата сграда на Чешката национална библиотека: въпреки факта, че версията на неговото бюро Future Systems спечели международно състезание, сега изпълнението му е малко вероятно. От една страна, много граждани, включително високопоставени лица, се противопоставиха на проекта, считайки криволинейните форми и ярките цветове на бъдещата сграда за неприемливо допълнение към съществуващия градски пейзаж на Прага (въпреки че беше планирано библиотеката да бъде построена в парк район, извън стария град). От друга страна, чешки архитекти видяха нарушения в процедурата на приключилия конкурс, които нарушаваха техните права, и поискаха преразглеждане на резултатите.
Каплицки, който напусна Чехия през 1968 г., след въвеждането на съветските войски, видя в първата си сграда в родината си оттогава насам символ на завръщането си и прие такъв обрат на събитията много болезнено. Смелият език на неговата архитектура, изпреварил времето си и предизвикващ филистимското мислене, винаги е предизвиквал двусмислена реакция на обществеността - включително клиенти и властимащи, но архитектът е избягвал компромиси - и този път той не е направил отстъпки и енергично защити своята версия на проекта …
Като цяло, въпреки наградата „Стерлинг“за пресцентъра на крикетния стадион „Lords“в Лондон през 1999 г. и популярността на универсалния магазин „Selfridges“в Бирмингам, потенциалът на Ян Каплицки като архитект не беше напълно реализиран: Архитектура - Питър Кук, бивш редактор на „Архитектурно ревю“Пол Финч, критикът Кен Пауъл. Норман Фостър, с когото Каплики си сътрудничи от 1979–83 г., заяви, че е страхотен архитект, високо ценен колега и добър приятел.
