Сградата е разположена в подножието на скалата, на която е разположен Акропола. Поради особеностите на обекта, той е ориентиран по оста изток-запад, но заемайки целия си горен, трети етаж, галерията Партенон е разположена рязко спрямо основния обем на сградата и е обърната на север. Това не само позволи частично да реши проблема с прегряването в горещ климат, но и визуално свърза залата със скулптурите, които някога са украсявали фасадите на големия храм, със самия Партенон, разположен на по-малко от 300 метра от музея. Динамичният ефект на това решение изпълва сградата с енергия; в това може да се види определен символичен смисъл: той сякаш се обръща към Акропола, към миналото, което съответства на политическото послание на гръцкото правителство в новата сграда: нека върнем часовника и върнем паметника обратно първоначално състояние (или поне да събере всичките му части заедно, съхранявани в Лондон, Париж, Палермо, Рим).
Подобна реторика би могла да повлияе на архитектурния проект: дори след победата на версията на Чуми в състезанието през 2001 г. имаше много привърженици на неокласическия дизайн на сградата на музея в Гърция. Въпреки това, много дискретният обем стъкло, бетон и мрамор осигурява много по-дискретен фон за колекция от скулптури от архаичния период до римско време, отколкото някаква "историзираща" структура.
Поради факта, че под сградата са открити останки от градски квартал от древни времена, е решено тя да бъде издигната над земята върху 100 бетонни подпори с „панти“, които трябва да смекчат вибрациите в случай на евентуално земетресение; на пръв поглед те са подредени произволно, но в действителност - за да не се повредят археологическите находки. Основите на древни къщи могат да се видят през отворите и остъклените площи в пода на приземния етаж на музея, където се намират вестибюлът и залите на временните изложби. Оттам посетителят се качва на втория етаж, където са изложени всички експонати, с изключение на скулптурите на Партенона, а има и открита тераса с кафене. Третият етаж с „Галерия Партенон“представлява правоъгълно остъклено пространство, в центъра на което има бетонен обем, повтарящ размерите на кела на храма. Известният фриз с панатенейското шествие е пресъздаден върху него от оригинални части и отливки.
Сериозната атмосфера на "храма на изкуството" в музея ще продължи въпреки очаквания огромен брой посетители: шумът ще бъде погълнат от многобройните кръгли дупки, направени в бетонните стени. В допълнение към липсата на какъвто и да е декор, броят на знаците и етикетите е намален до необходимия минимум: нищо не трябва да отвлича вниманието от експонатите. Добре обмислен маршрут ще улесни инспекцията на колекцията: от археологическите разкопки под сградата до архаичната скулптура на втория етаж, след това до галерията на Партенона на третия и след това до произведенията на елинистическата и Римски периоди.
